یکی از مباحث مهم در حوزه علوم قرآنی و تفسیر، مسئله «مبانی یا اصول تفسیر» است. مبانی تفسیر که همان باورها و اصول پذیرفته شده و مسلّم نزد مفسّر است، در فرایند تفسیر وی، ایفای نقش می‌کند و پذیرش یا عدم پذیرش آنها، سبب رویکرد خاص در تفسیر می‌گردد. از آنجا که مبانی مفسران متفاوت است، لذا اختلاف در تفسیر پدید می‌آید. از امام محمدباقر (علیه‌السلام) روایات فراوانی در حوزه تفسیر آیات قرآن و علوم قرآنی باقی مانده است که با توجه به آنها برخی از مبانی تفسیری از دیدگاه امام محمد باقر(ع) عبارتند از: قدسی بودن قرآن کریم، سلامت آن از خطر تحریف، قرآئت واحد قرآن، امکان و جواز تفسیر آن، ساختار چند معنایی قرآن، حجیّت سنت رسول اکرم (ص) و اوصیای ایشان در تفسیر و ... .
)